GENE UP TYPER

GENE UP TYPER est une solution de typage probabiliste basée sur qPCR qui est une alternative rapide et facile à utiliser au typage basé sur le séquençage du génome entier (WGS). A partir d'une culture pure pour laquelle un premier test d'identification a confirmé l'espèce (ex. GENE-UP), les résultats peuvent être obtenus en moins de deux heures. Pour chaque isolat, un profil d'absence/présence basé sur la qPCR de marqueurs génétiques est obtenu, qui est utilisé par des algorithmes pilotés par un modèle de données pour prédire les groupes GENE UP TYPER qui sont basés sur une phylogénie sous-jacente basée sur le WGS. Les résultats sont mis à disposition via une application Web ou via un rapport PDF statique. Les questions auxquelles une analyse GENE UP TYPER vise à répondre sont : Qui est-ce ? Ai-je déjà vu cela ? Est-ce une souche persistante? Quelle est la source de la contamination ? Est-ce une vraie contamination ?